1811 წლის 30 ივნისს რუსეთის იმპერატორმა ალექსანდრე I-მა სპეციალური პროექტი დაამტკიცა, რომლის მიხედვითაც გაუქმდა საქართველოს ეკლესიის უძველესი ავტოკეფალია. ქართული ეკლესია რუსეთის საეკლესიო სისტემის შემადგენელი ნაწილი გახდა. ავტოკეფალიის გაუქმებასთან ერთად გაუქმდა საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქის ინსტიტუტიც. საქართველოს ეკლესიაში უმაღლესი იერარქი მცხეთისა და ქართლის მიტროპოლიტი გახდა, რომელსაც სხვანაირად საქართველოს ეგზარქოსი ეწოდებოდა. პოლიტიკურთან ერთად რუსეთმა საქართველოს სულიერი ანექსია განახორციელა, რომელიც საუკუნეზე მეტ ხანს გაგრძელდა. საქართველოს სამოციქულო მართლმადიდებელი ეკლესია, მართლმადიდებელ ქრისტიანულ ეკლესიებს შორის, ერთ-ერთი უძველესია. ქართულმა ეკლესიამ ავტოკეფალია, ანუ სრული ეკლესიური დამოუკიდებლობა, ჯერ კიდევ, V საუკუნეში, ვახტანგ გორგასლის პერიოდში მოიპოვა. მიუხედავად იმისა, რომ საუკუნეების განმავლობაში საქართველო ისლამურ გარემოცვაში იყო, ქვეყანამ, უდიდესი ძალისხმევის შედეგად, ქრისტიანობისა და ეკლესიის ავტოკეფალიური მდგომარეობის შენარჩუნება მაინც მოახერხა. თუმცა არსებული ვითარება XVIII საუკუნის მიწურულს შეიცვალა, როდესაც საქართველო ერთმორწმუნე მართლმადიდებელი მეზობლის _ რუსეთის პოლიტიკური გავლენის ქვეშ მოექცა. 1783 წელს გეორგიევსკში ქართლ-კახეთის სამეფოსა და რუსეთს შორის ხელი მოეწერა ტრაქტატს, რომლის მიხედვითაც ქართლ-კახეთის სამეფო რუსეთის უზენაეს ხელისუფლებასა და მფარველობას ცნობდა. ტრაქტატის ძალით, ქართლ-კახეთის სამეფო ტახტზე მეფეს, ამიერიდან, რუსეთის იმპერატორი ამტკიცებდა. რუსეთი ვალდებულებას იღებდა, რომ მეფე ერეკლე და მისი მემკვიდრენი ქართლ-კახეთის ტახტზე დაცულნი იქნებოდნენ. ქვეყნის საშინაო მართვა, სამართლის წარმოება და გადასახადების აკრეფა მთლიანად საქართველოს მეფის უფლებებში რჩებოდა. მართალია, ტრაქტატი ზღუდავდა, მაგრამ არ აუქმებდა ქართლ-კახეთის სახელმწიფოებრიობას და მის სამეფო ტახტს. გეორგიევსკის ტრაქტატით შეიზღუდა საქართველოს ეკლესიის დამოუკიდებლობაც. შეთანხმების მერვე მუხლის მიხედვით, ქართული ეკლესიის მეთაური კათალიკოსი ანტონ I რუსეთის სინოდის რიგით წევრად ცხადდებოდა. ამ განსაზღვრებით დაირღვა საეკლესიო სამართალი, რადგან ავტოკეფალიური ეკლესიის მეთაური შეუძლებელი იყო, სხვა ეკლესიის წმიდა სინოდის წევრი ყოფილიყო. რუსეთმა იმპერიული ამბიციები გეორგიევსკის შეთანხმების დადებიდან ძალიან მალევე გამოავლინა. 1801 წელს რუსეთის იმპერატორმა პავლე I-მა მანიფესტი გამოაქვეყნა, რომელიც ქართლ-კახეთის სამეფოს გაუქმებასა და მის რუსეთთან შეერთებას გულისხმობდა. სახელმწიფოებრიობის ფაქტობრივი გაუქმების შემდეგ, სულ მალე, ეკლესიის ჯერიც დადგა. სტრუქტურული მოწყობის თვალსაზრისით, რუსული ეკლესია ძირეულად განსხვავდებოდა ქართულისგან. ჯერ კიდევ პეტრე პირველის დროს, 1721 წელს, რუსეთში პატრიარქის ინსტიტუტი საერთოდ გაუქმდა. მის ნაცვლად, უწმიდესი სინოდის სახით, კოლეგიალური მმართველობა დაწესდა, რომელსაც საერო პირი _ ობერ-პროკურორი ხელმძღვანელობდა. ობერ-პროკურორს, ისევე როგორც უწმიდესი სინოდის ყველა წევრს, იმპერატორი ნიშნავდა და ათავისუფლებდა. შესაბამისად, ყველა მნიშვნელოვან გადაწყვეტილებას მხოლოდ იმპერატორი იღებდა. რუსული სისტემისთვის ქართული ეკლესიის მართვა-გამგეობის ტრადიციული წესები აბსოლუტურად მიუღებელი იყო და ამიტომ საქართველოში შემოსვლისთანავე არსებული წყობის შეცვლა დაიწყო. შეიქმნა პროექტი, რომელიც საქართველოში ავტოკეფალიური ეკლესიის ფაქტობრივ გაუქმებასა და მის ნაცვლად რუსეთზე დამოკიდებული სპეციალური მმართველობითი ორგანოს _ დიკასტერიის ჩამოყალიბებას გულისხმობდა. 1810 წლის მიწურულს საქართველოდან პეტერბურგში გაიწვიეს კათოლიკოს-პატრიარქი ანტონ II. გაწვევის ფორმალური მიზეზი დიკასტერიის შექმნასთან დაკავშირებულ საკითხებზე მსჯელობა გახლდათ, თუმცა, სინამდვილეში, პატრიარქის საქართველოდან გაწვევა სამშობლოდან მის სამუდამო მოშორებას ნიშნავდა. პატრიარქის გაწვევისთანავე რუსეთმა მთლიანად გააუქმა ქართული ეკლესიის ავტოკეფალიური უფლება და იგი რუსულ ეკლესიას დაუქვემდებარა. საქართველოს ეკლესია, ფაქტობრივად, რუსული ბიუროკრატიული სისტემის დანამატად გადაიქცა. ქართლ-კახეთში დამკვიდრების შემდეგ რუსეთმა საქართველოში გავლენის სწრაფი გაფართოება დაიწყო. 1804 წლის 25 აპრილს სოფელ ელაზნაურში გაფორმდა შეთანხმება, რომლის ძალითაც იმერეთმა რუსეთის მფარველობა მიიღო. ეს შეთანხმება გეორგიევსკის ტრაქტატის ანალოგიური იყო. თუმცა, როგორც ქართლ-კახეთის შემთხვევაში, რუსეთმა ხელშეკრულება იმერეთთანაც დაარღვია. 1810 წელს რუსმა გენერალმა ალექსანდრე ტორმასოვმა ქუთაისში იმერეთის სამეფოს გაუქმება გამოაცხადა. დროთა განმავლობაში მსგავსი ბედი ეწია სამეგრელოს, გურიის, აფხაზეთისა და სვანეთის სამთავროებსაც. საქართველო რუსეთის ეკლესიის საეგზარქოსო გახდა, რომელსაც რუსი ეგზარქოსები მართავდნენ. ქართველთა ვარაუდი, რომ ერთმორწმუნე მეზობელთან შეერთებით საქართველოს ეკლესია განმტკიცდებოდა, არ გამართლდა. რუსეთისთვის მართლმადიდებლობა მხოლოდ შირმა იყო, რომელსაც იმპერიული მიზნების მისაღწევად იყენებდა. ეგზარქოსობის პერიოდში გაუქმდა უძველესი ეპარქიები, გაიძარცვა ეკლესია-მონასტრები, დაიკარგა მრავალი ქრისტიანული სიწმინდე. შეურაცხყოფდნენ და აბუჩად იგდებდნენ უძველეს ქართულ საეკლესიო საგალობლებს, დევნიდნენ ქართული ეკლესიის წმინდა ადათებს, ანადგურებდნენ საეკლესიო სიძველეებს. ეკლესია-მონასტრებში აიკრძალა ქართულ ენაზე წირვა-ლოცვა. მთლიანად შეათეთრეს სვეტიცხოვლის, ალავერდის, სამთავისის უნიკალური ქართული ფრესკები. ბევრ ეკლესიას რუსულ ყაიდაზე შეუცვალეს გუმბათები. რუსული ეკლესიის ჩინოვნიკთა უმეტესობა საქართველოს ველურ მხარედ აღიქვამდა და აქ გატარებულ პერიოდს გამდიდრების საშუალებად იყენებდა. იშვიათი გამონაკლისების გარდა, საქართველოში ჩამოსვლამდე  ეგზარქოსებმა არაფერი იცოდნენ ქართული ეკლესიისა და საქართველოს შესახებ და საქმეს უზნეო, ანგარებიანი, ხარბი მოხელეების მეშვეობით მართავდნენ. რუსეთის ხაზინამ ქართული ეკლესიის 150 მილიონი მანეთის ღირებულების ქონება მიითვისა. ქართულ ეკლესიას ჩამოართვეს, დაახლოებით, 460 000 ჰა-მდე მიწა. ავტოკეფალიის გაუქმებამდე საქართველოში 26 ეპარქია იყო, მათგან რუსებმა მხოლოდ 5 დატოვეს. დაიხურა 1000-მდე ეკლესია-მონასტერი. ეგზარქოსების მეშვეობით რუსეთი ქართულ ეკლესიას ეროვნულ სახეს უკარგავდა. ამის შედეგად დაიწყო ეკლესიისა და ქართული საზოგადოების გაუცხოების პროცესი. ხალხი აღარ დადიოდა ეკლესიებში, ნაკლებად ამბობდა აღსარებას, არ ეზიარებოდა. ქვეყანა ზნეობრივი გადაგვარების გზას დაადგა. სარწმუნოებამ ეროვნული იდენტობისა და ერის გამაერთიანებელი ფუნქცია დაკარგა და მას მხოლოდ გარეგნული დანიშნულება შერჩა. პირველი რუსი ეგზარქოსი თეოფილაქტე რუსანოვი იყო, რომელიც საქართველოში 1817 წელს ჩამოვიდა. რუსანოვმა მოქმედება დასავლეთ საქართველოდან დაიწყო, სადაც ეკლესიის რუსიფიკაციას თავიდანვე ძლიერი წინააღმდეგობა შეხვდა. მოკლე დროში დაიკეტა ასეულობით ეკლესია, ეკლესიებიდან გამოყარეს უმრევლოდ დარჩენილი მღვდლები, ხოლო უპატრონოდ დარჩენილი ტაძრები დაუნდობლად გაიძარცვა. ეკლესიის მიმართ ასეთმა დამოკიდებულებამ იმერეთში აღშფოთება გამოიწვია, რომელიც, სულ მალე, აჯანყებაში გადაიზარდა. სახალხო მღელვარება ორი წელი არ ცხრებოდა და მისი ჩაქრობა, რუსული არმიის მეშვეობით, მხოლოდ 1820 წლისთვის მოხერხდა. ქუთათელი მიტროპოლიტი დოსითეოსი და გაენათელი მიტროპოლიტი ექვთიმე, რომლებმაც რუსული ძალადობის წინააღმდეგ გაილაშქრეს, 1820 წლის 4 მარტს, დიდმარხვაში, დააპატიმრეს. ისინი ჯერ სცემეს, შემდეგ ხელები შეუკრეს, თავზე ტომრები ჩამოაცვეს და ბადრაგის თანხლებით რუსეთის გზას გაუყენეს. ქუთათელი მიტროპოლიტი დოსითეოსი გზაში გარდაიცვალა. როგორც ვარაუდობენ, ხიშტებით დაჭრილი მიტროპოლიტი ტომარაში უჰაერობისგან გაიგუდა. დოსითეოსი ანანურის ეკლესიამდე ისე ატარეს, რომ ხალხმა მისი სიკვდილის შესახებ ვერაფერი გაიგო. გარდაცვალებიდან 4 დღის შემდეგ იგი ანანურის ეკლესიის ეზოში დამარხეს. მართალია, გაენათელი მიტროპოლიტი ექვთიმე ცოცხალი გადარჩა, მაგრამ იგი სამუდამოდ გადაასახლეს რუსეთში. თეოფილაქტე რუსანოვი საქართველოში 1821 წელს გარდაიცვალა. ამბობენ, რომ იგი საქართველოში ქრისტიანობის გამავრცელებლის, წმინდა ნინოს საფლავს თხრიდა, როდესაც დამბლა დაეცა და იქვე, საფლავთან მოკვდა. თეოფილაქტეს მმართველობის პერიოდში დაიწყო საქართველოში არსებული სასულიერო განათლების სისტემის შეცვლა. ქართული სასულიერო სასწავლებლების უმეტესობა რუსულად გადაკეთდა, რომელთა ძირითადი მიზანი, რუსული სულისკვეთებით  განმსჭვალული, ახალი ყაიდის ქართველი სამღვდელოების აღზრდა იყო. სასულიერო სასწავლებლებში ზედამხედველების, მათი თანაშეემწეებისა და წამყვანი პედაგოგების თანამდებობების დაკავება მხოლოდ რუსებს შეეძლოთ. რუსეთისთვის საქართველო ის ადგილი იყო, სადაც დამნაშავეებს, შერისხულ ჩინოვნიკებს, სხვადასხვა ჯურის სექტანტებს და მეფის კარის მიმართ არალოიალურად განწყობილ პირებს ასახლებდნენ. ანალოგიური მიდგომა იკვეთებოდა საქართველოს საეგზარქოსოშიც. ეკლესიის რუს მსახურთა უმრავლესობა გაუნათლებელი, ხეპრე და ხშირად საეჭვო ზნის პირები იყვნენ. ბევრი მათგანი რუსულ ეპარქიებში მღვდლის, ან დიაკვნის ხარისხს არასდროს ეღირსებოდა. საეკლესიო-სამრევლო სკოლების მთავარი მიზანი არა სარწმუნოების, არამედ რუსული ენის შესწავლა გახდა. ვინაიდან ქართველ მოსწავლეთა უმეტესობამ რუსული საერთოდ არ იცოდა, ისინი შესაბამის ცოდნას ვერ იღებდნენ, რაც მომავალ სამღვდელო პირთა ტოტალურ გაუნათლებლობას იწვევდა. ამან შედეგად ის გამოიღო, რომ გაუნათლებელი, თუმცა კი სემინარია დამთავრებული ქართველი მღვდლები, მრევლს შესაბამის ცოდნას ვერ გადასცემდნენ. ლეონიდე ოქროპირიძე: „ქართველი მოსწავლეები, სემინარიას რომ ამთავრებენ, არ იცნობენ ტერმინებს: იპოსტასი, სამება, ჯვარცმა, განგება“. იგივეს ადასტურებს კირიონ საძაგლიშვილი (კირიონ მეორე). სემინარიის დამთავრებისას მან არ იცოდა ღვთისმეტყველების ზოგიერთი ტერმინი, რადგან ქართულად არ ასწავლიდნენ ისეთ საგნებსაც კი, როგორიცაა კატეხიზმო და წმინდათა საქართველოს ისტორია. XIX ს-ის ბოლოდან ქართული საზოგადოების გახლეჩის მიზანმიმართული პოლიტიკა დაიწყო. სამეგრელოსა და სვანეთის სასწავლებლებსა და ღვთისმსახურებაში საერთოდ აიკრძალა ქართული ენა. კავკასიის სასწავლო ოლქის ზედამხედველი იანოვსკი კიდევ უფრო შორს წავიდა და ქართული საზოგადოების გათიშვის მიზნით, ბიბლიის მეგრულ და სვანურ ენებზე თარგმნის იდეა წამოაყენა. ქართული საზოგადოების გარუსებაში წამყვანი ადგილი ეკავა თბილისის სასულიერო სემინარიას. სემინარიაში სასწავლო პროცესი მკაცრი რუსიფიკაციის პირობებში მიმდინარეობდა. გაკვეთილების ცხრილში ქართული ენა საერთოდ არ შედიოდა. სასულიერო სემინარიაში განსაკუთრებით აუტანელი მდგომარეობა ეგზარქოს პავლე ლებედევის პერიოდში შეიქმნა. სემინარიის რექტორის, პავლე ჩუდეცკის მიერ დამკვიდრებული ურთიერთდასმენის, ჯაშუშობის, დასჯის დამამცირებელი მეთოდების გამო მდგომარეობა იმ დონემდე დაიძაბა, რომ 1886 წელს ერთ-ერთმა სემინარიელმა _ იოსებ ლაღიაშვილმა, ჩუდეცკი სიცოცხლეს გამოასალმა. ლაღიაშვილს ქართულად დაწერილი დღიური აღმოუჩინეს, მისი ბინის ჩხრეკისას კი აკრძალული ლიტერატურა უპოვეს და სემინარიიდან გარიცხეს. ლაღიაშვილმა აღდგენის თხოვნით ჯერ რექტორს, შემდეგ კი ეგზარქოსსაც მიმართა, მაგრამ უარი მიიღო. უსახსროდ და გამოუვალ მდგომარეობაში დარჩენილი ლაღიაშვილი პავლე ჩუდეცკის სემინარიაში მიუვარდა და იგი ცოლის, ცოლისდისა და სიმამრის თვალწინ ხანჯლით მოკლა. სასამართლომ ლაღიაშვილს 20-წლიანი კატორღა მიუსაჯა და კუნძულ სახალინზე გადაასახლა. ეგზარქოსმა პავლე ლებედევმა ჩუდეცკის მკვლელობისთვის ამბიონიდან დაწყევლა ქართველი ერი: „დაიწყევლოს სამუდამოდ შენი მკვლელიცა და ის ოჯახიც, რომელმაც შობა იგი, დაიწყევლოს ის წრე და ის ერი, რომელმაც დაბადა და ის ქვეყანა, რომელმაც გამოზარდა შენი მკვლელი!“ ამ წყევლამ ქართული საზოგადოების უკიდურესი აღშფოთება გამოიწვია. დიმიტრი ყიფიანმა ეგზარქოსს მოსთხოვა, ან უკუეგდო ნათქვამი, ან მკრეხელური სიტყვების გამო მრევლის წინაშე ბოდიში მოეხადა. ლებედევის მოთხოვნით მოხუცი დიმიტრი ყიფიანი სტავროპოლში გადაასახლეს. ყიფიანი საქართველოში ვეღარ დაბრუნდა _ 1887 წელს იგი სასტუმროში მოკლული იპოვეს. ეგზარქოსობის დროს საეკლესიო ქონების ძარცვამ და ქურდობამ წარმოუდგენელი მასშტაბი მიიღო. ამ თვალსაზრისით განსაკუთრებით ევსევი-ილინსკი გამოირჩეოდა, რომელსაც საქართველოს ეგზარქოსის თანამდებობა 1858-1877 წლებში ეკავა. მისი მოღვაწეობის პერიოდში საქართველოს ეკლესიებიდან ორ მილიონ მანეთზე მეტი ღირებულების განძი გაიტაცეს. 1859 წელს გაიძარცვა ხახულის ღვთისმშობლის სასწაულმოქმედი ხატი, რომელიც დავით აღმაშენებლის დროიდან გელათში იყო დასვენებული. ხატი შემკული იყო პატიოსანი თვლებით, მინანქრით და ორნამენტებით. მძარცველებმა მას ყველა ძვირფასი თვალი მოხსნეს. მათ შორის, ოთხი დიდი და შვიდი მცირე ლალი, რომლებიც, ოდესღაც, თამარ მეფის გვირგვინს ამშვენებდა. გელათის მონასტრიდანვე მოიპარეს მინანქრიანი ყდით შემკული XI საუკუნის სახარება. სახარებას ოქროს ყდა შემოაძრეს და იგი იაფფასიანი ვერცხლის ყდით შეცვალეს. ეგზარქოსის მითითებით იმერეთის კათოლიკოსის მანტია, ოქრომკედით ნაქსოვი, მსხვილი მარგალიტებითა და ლალით შემკული, ცეცხცლში ჩააგდეს და მანტიიდან რვა გირვანქა ოქრო გამოადნეს. დააძრეს მსხვილი ლალები და მარგალიტები. კათალიკოსის მანტიას მიტრაც გააყოლეს, რომელსაც ვახტანგ გორგასლის ნაქონი ბრილიანტის ჯვარი ამშვენებდა. ევსევი-ილინსკის მითითებით გაიძარცვა სიონის, მცხეთის, ალავერდის, ბოდბეს, ნინოწმიდის, იოანე ნათლისმცემლის, ჯუმათისა და სხვა მონასტრების ცნობილი ხატები. ეგზარქოს პავლე ლებედევის დროს მეტეხის ეკლესიიდან მოიპარეს ოქროთი მოჭედილი მეტეხის ღვთისმშობლის სასწაულმოქმედი ხატი, რომელიც 50 ათასი მანეთი ღირდა. ეს ხატი, მოგვიანებით, უკვე შემდგომი ეგზარქოსის, პალადის დროს, მეტეხის ეკლესიის სხვენზე იპოვეს, მაგრამ მას ოქროს ჭედურობა უკვე მოხსნილი ჰქონდა. რუსეთის მიერ ქართული ეკლესიის თვითმყოფადობის წინააღმდეგ წარმოებულმა პოლიტიკამ საზოგადოებაში საპროტესტო მუხტის ჩამოყალიბება გამოიწვია. დროთა განმავლობაში ამ პროტესტმა ორგანიზებული სახე მიიღო და XIX საუკუნის მიწურულს იგი ავტოკეფალიის აღდგენისთვის ბრძოლაში გადაიზარდა. საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალიის აღდგენის მოთხოვნას მხარს უჭერდა როგორც ქართველი სამღვდელოების უდიდესი უმრავლესობა, ასევე ქართველი ინტელიგენცია. ამ მოძრაობის ხელმძღვანელები იყვნენ ეპისკოპოსები კირიონი, ლეონიდე და ანტონი, დეკანოზები კალისტრატე ცინცაძე, ნიკიტა თალაკვაძე, არქიმანდრიტი ამბროსი ხელაია. სასულიერო პირებს აქტიურ მხარდაჭერას უცხადებდნენ საზოგადო მოღვაწეები: ილია ჭავჭავაძე, აკაკი წერეთელი, იაკობ გოგებაშვილი, ივანე ჯავახიშვილი, ექვთიმე თაყაიშვილი, ნიკო მარი. 1905 წლის გაზაფხულზე ქართულმა სამღვდელოებამ ჯერ ქუთაისში, შემდეგ კი თბილისში კრება ჩაატარა, სადაც საქართველოს ეკლესიისთვის ძველი უფლებების დაბრუნების თაობაზე იმსჯელა და ამ საკითხთან დაკავშირებით მთავრობის წინაშე შუამდგომლობის აღძვრის გადაწყვეტილება მიიღო. თუმცა, როგორც მოსალოდნელი იყო, ხელისუფლება ამ მოთხოვნის გაზიარებას არ აპირებდა. 1905 წლის მაისში სასტიკად დაარბიეს ეპარქიის სამღვდელოების ყრილობა თბილისში. ეგზარქოს ალექსის მოთხოვნით, მეფისნაცვალმა ვორონცოვ-დაშკოვმა თბილისის სასულიერო სემინარიაში შეკრებილ სამღვდელოებას კაზაკები მიუსია და შენობიდან მათრახების ცემით გამოდევნა. ქართულ საზოგადოებაში ამ ფაქტის გამო აღშფოთება იმდენად დიდი იყო, რომ იმპერია იძულებული გახდა, საქართველოდან ეგზარქოსი ალექსი გაეწვია. რუსეთმა ძალის გამოყენებით ქართველი საზოგადოების გაჩუმება ვერ მოახერხა. 1905 წლის მიწურულს თბილისში სრულიად საქართველოს სამღვდელოების დელეგატთა კრება შედგა, რომელმაც ავტოკეფალიის პროექტი შეიმუშავა. სასულიერო პირების მოთხოვნას ილია ჭავჭავაძის მეთაურობით საქართველოს საზოგადო მოღვაწეთა ჯგუფიც შეუერთდა. მეფისნაცვალს ავტოკეფალიის საკითხის განხილვა უკვე ოფიციალურ დონეზე მოსთხოვეს და მთავრობა იძულებული გახდა, ამ მოთხოვნისთვის ანგარიში გაეწია. 1906 წლის იანვარში, ავტოკეფალიასთან დაკავშირებით, პეტერბურგში რუსეთის საეკლესიო სინოდის რამდენიმე სხდომა გაიმართა. ამ სხდომებს ეპისკოპოსი კირიონ საძაგლიშვილი და ეპისკოპოსი ლეონიდე ოქროპირიძე ესწრებოდნენ. ქართველმა ეპისკოპოსებმა რუსი ეგზარქოსების მიერ ქართველი სამღვდელოების დევნის არაერთი ფაქტი მოიყვანეს. ისინი საუბრობდნენ საქართველოს ეკლესიის უძველეს ისტორიაზე, მოციქულთა მიერ საქართველოში ქრისტიანობის გავრცელებაზე და ხაზს უსვამდნენ, რომ ქართული ეკლესია საუკუნეების მანძილზე დამოუკიდებელი იყო. თუმცა სინოდმა ქართველი სამღვდელოების მოთხოვნა არ დააკმაყოფილა. რუსი მოხელეების მოსაზრებით, ავტოკეფალიის აღიარება საქართველოს დამოუკიდებლობის აღიარების ტოლფასი იქნებოდა, ამას კი რუსეთის იმპერია არ დაუშვებდა. საქართველოს ავტოკეფალიის აღდგენისთვის ხელსაყრელი ვითარება 1917 წლის დასაწყისში შეიქმნა. პირველ მსოფლიო ომში ჩაბმული რუსეთის იმპერია მძიმე პოლიტიკურ და ეკონომიკურ ვითარებაში აღმოჩნდა. მკვეთრად გაუარესდა სოციალური მდგომარეობა, მნიშვნელოვნად გაიზარდა რევოლუციური განწყობები. 27 თებერვალს პეტერბურგის მუშების მიერ მოწყობილი საყოველთაო გაფიცვა შეიარაღებულ აჯანყებაში გადაიზარდა, რომელსაც ჯარისკაცებმაც დაუჭირეს მხარი. რევოლუციის შედეგად იმპერატორი ნიკოლოზ მეორე გადადგა და ხელისუფლების სათავეში დროებითი მთავრობა მოექცა. ნათელი გახდა, რომ იმპერიაში დაწყებული ქაოსის გამო რუსეთი საქართველოსთვის ვერ მოიცლიდა. ამით კარგად ისარგებლეს საქართველოს ეროვნულ პოზიციაზე მდგომმა ძალებმა და ავტოკეფალიის აღდგენისთვის პრაქტიკული მოქმედება დაიწყეს. 1917 წლის 12 მარტს (ახალი სტილით 25 მარტი) სვეტიცხოვლის საკათედრო ტაძარში ათიათასობით მორწმუნე შეიკრიბა. ეპისკოპოსმა ლეონიდემ საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალიური მართვა-გამგეობის აღდგენა გამოაცხადა და ეს ისტორიული დღე მთელ ქართველ ხალხს მიულოცა. 106-წლიანი იძულებითი პაუზის შემდეგ საქართველოს სამოციქულო ეკლესიამ ავტოკეფალია აღიდგინა. კათოლიკოსის არჩევამდე საქართველოს ეკლესიის გამგებლად გურია-ოდიშის ეპისკოპოსი ლეონიდე დაინიშნა. შეიქმნა დროებითი საეკლესიო მმართველობა, რომელსაც საეკლესიო ყრილობა უნდა მოემზადებინა. დადგინდა, რომ საეკლესიო კრება 1917 წლის სექტემბერში ჩატარდებოდა. საეკლესიო მართვა-გამგეობის დებულების გარდა კრებაზე დამტკიცდებოდა ეპარქიები და საკათალიკოსო საბჭოს შემადგენლობა. საეკლესიო კრების ბოლო დღეს კი დელეგატები სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქს აირჩევდნენ. 13 მარტს ეპისკოპოსმა ლეონიდემ ოფიციალურად განუცხადა ეგზარქოს პლატონს, რომ იგი მცხეთის კრების დადგენილებით გადაყენებულია თანამდებობიდან. 17 სექტემბერს სიონის ტაძარში კათოლიკოს-პატრიარქის არჩევნები მოეწყო. არჩევნებში ორი კანდიდატი _ ეპისკოპოსი კირიონი და ეპისკოპოსი ლეონიდე მონაწილეობდნენ. ფარული კენჭისყრის შედეგად, 12 ხმის უპირატესობით, გამარჯვება კირიონმა მოიპოვა. არჩევნებიდან ერთი თვის შემდეგ, 14 ოქტომბერს, სვეტიცხოვლის ტაძარში საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქის, უწმინდესისა და უნეტარესის, კირიონ II-ის აღსაყდრების საზეიმო ცერემონიალი გაიმართა. მართალია, საქართველომ ავტოკეფალია აღიდგინა, მაგრამ 106-წლიანი წყვეტის შემდეგ საჭირო იყო საქართველოს მართლმადიდებელი ეკლესიის საერთაშორისო აღიარების ხელახალი დადასტურება, თუმცა ამ პროცესს კვლავ რუსეთმა შეუშალა ხელი. 1921 წელს საბჭოთა რუსეთის მიერ საქართველოს გასაბჭოების შემდეგ საქართველოს მართლმადიდებელი ეკლესია კვლავ უმძიმეს მდგომარეობაში აღმოჩნდა. ერთი მხრივ, მას საბჭოთა ხელისუფლების მიერ წარმოებული ანტირელიგიური პოლიტიკა ავიწროებდა, ხოლო, მეორე მხრივ, რუსეთის ეკლესია ებრძოდა, რომელიც საქართველოს ეკლესიას საკუთარ ნაწილად მიიჩნევდა. რუსულ ეკლესიასთან ურთიერთობის მოგვარებას უპირველესი მნიშვნელობა ჰქონდა, რადგან მსოფლიოს მართლმადიდებლური ეკლესიები ქართულ ეკლესიას განიხილავდნენ არა როგორც უძველეს ეკლესიას, არამედ რუსეთის ეკლესიის ნაწილს, რომელმაც რევოლუციური მდგომარეობით ისარგებლა და დამოუკიდებლობა გამოაცხადა. 1943 წელს რუსეთის საეკლესიო ცხოვრებაში მასშტაბური ცვლილებები განხორციელდა, რომელმაც მნიშვნელოვნად შეუწყო ხელი ქართული ეკლესიის ავტოკეფალიის საერთაშორისო აღიარების პროცესს. მეორე მსოფლიო ომში ჩაბმულმა საბჭოთა კავშირმა ეკლესიის მიმართ არსებული დამოკიდებულების შეცვლა დაიწყო. ომში გამარჯვებისთვის, საბჭოთა მთავრობას საზოგადოების სრული მხარდაჭერა სჭირდებოდა, ამ მხრივ კი ეკლესია ერთ-ერთ მნიშვნელოვან ფაქტორს წარმოადგენდა. შექმნილი ვითარებიდან გამომდინარე, სტალინმა ეკლესიის მიმართ წლების განმავლობაში წარმოებული რეპრესიული პოლიტიკის შერბილებისა და რუსული მართლმადიდებლური ეკლესიის ერთგვარი ლეგალიზაციის გადაწყვეტილება მიიღო. 1943 წლის სექტემბერში სტალინმა რუსული მართლმადიდებლური ეკლესიის უმაღლესი პირები მიიღო. ამ შეხვედრის შედეგად აღდგა რუსეთის საპატრიარქო, შესაძლებელი გახდა ახალი პატრიარქის არჩევა და სასულიერო იერარქიის ჩამოყალიბება. სტალინის უშუალო მითითებით, რუსეთის საპატრიარქოს საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალიის ცნობა დაევალა. 1943 წლის 28 ოქტომბერს თბილისში რუსეთის პატრიარქ სერგის ოფიციალური წარმომადგენელი, სტავროპოლისა და პიატიგორსკის მთავარეპისკოპოსი ანტონი ჩამოვიდა. საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქ კალისტრატესთან სიონის ტაძარში ჩატარებული ერთობლივი წირვის შემდეგ ეკლესიაში შეკრებილ მრევლს ეუწყა, რომ რუსეთის ეკლესიამ ოფიციალურად და კანონიკურად ცნო საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალია და ამის შესახებ მსოფლიოს მართლმადიდებელ მღვდელმთავრებს აცნობა. თუმცა ქართული მართლმადიდებელი ეკლესიის ავტოკეფალიის აღდგენის პროცესის ბოლომდე მიყვანას, დაახლოებით, ნახევარი საუკუნე დასჭირდა და იგი მხოლოდ 1990 წელს დასრულდა. 1990 წლის 4 მარტს კონსტანტინოპოლის მსოფლიო პატრიარქმა, დიმიტრიოს I-მა, საგანგებო სიგელით დაადასტურა საქართველოს ეკლესიის ისტორიული ავტოკეფალია. დიმიტრიოსმა საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქს, უწმინდესსა და უნეტარეს ილია მეორეს, საქართველოს მართლმადიდებელი ეკლესიის ავტოკეფალიის ცნობისა და საქართველოს უწმინდესი ეკლესიის მეთაურის საპატრიარქოს ტიტულის ცნობისა და ბოძების სიგელები საზეიმო ვითარებაში გადასცა. ამით მსოფლიო ქრისტიანულმა სამყარომ ქართული ეკლესიის დამოუკიდებლობა საბოლოოდ აღიარა. მიხეილ ბასილაძე